Нет, никак не ограничит.
Системный диск можно размещать на каком угодно диске - он используется плотно только во время загрузки.
Это при условии что система серверная, т.е пользователи в ней не работают.
Есть ли выгода от установки в качестве системного SSD ну или хотя бы HDD c SATA3 интерфейсом?
В вашем случае нет.
Скорость работы зеркала будет зависеть исключительно от скорости работы дисков находящихся в зеркале.
