Серверу практически все равно, сколько вы подключаете файлов к той или иной PHP-странице. Это никак не влияет на скорость обработки сервером поступающих от пользователей всякого рода запросов.
Вам, надеюсь, известно, что на место
include тупо подставляется PHP код, содержащийся в подключаемом файле.
require и *_once аналоги действуют очень похоже, но там идет ряд определенных проверок, например, на то, был ли файл уже подключен ранее.
Хотел бы вам сказать насчет многократных вызовов инклуда, что этого можно избежать, ведь много инклудов запутывают. Избежать можно, например, объединяя весь код со сходным функционалом в один файл. Все классы, например, засунуть можно в один файл, все писанные вами функции для работы со строками - в другой и т.д. Но бывают и исключения, где вы должны будете уже сообразить сами.
А вообще, если вы делаете акцент на производительность, то скажу прямо — не там ищете! Подключение/не подключение доп. файлов — это, как уже неоднократно говорилось другими участниками, — «экономия на спичках». В таком случае вам лучше почитать о архитектуре высокопроизводительных систем, memcached и т.д...