sqlite3 не потоко-безопасна - если ты одновременно обращаешься к базе из нескольких потоков, это может запороть базу.
Соответственно, по умолчанию библиотека проверяет, что подключение к базе используется тем же потоком, который создал этот подключение - т.е. что оно ограничено рамками одного потока. Если это не так, выбрасывается исключение. Это поведение по умолчанию, чтобы новички потом не плакались "почему у меня иногда база портится?!!"
Но если ты очень осторожен и не допускаешь одновременных запросов (с помощью синхронизации по мьютексу. например), то можно безопасно использовать одно подключение из нескольких потоков. Тогда можно сказать sqlite "не дергайся насчёт потоков, я знаю что делаю". Вот эту возможность (подавить проверку) и предоставляет параметр check_same_thread = False.
