Была такая проблема при обновлении. Решение простое: установить (точнее обновить) XCode, запустить его и в XCode->Preferences->Downloads->Components нажать Install напротив Command Line Tools. Все.
Сделал Reset Safari и удалил из автозагрузки Dropbox, Evernote и Alfred'a. Холодный запуск, кликаю на Safari, общее время — 1 минута 25 секунд против 3:15. Быстрее в 2 раза! Bagyr — спасибо большущее!
