shell - это классический инструмент используемый для работы в linux.
В принципе можно минимизировать работу в нем, например используя интерактивную утилиту yast которая поставляется в комплекте с OpenSUSE.
В нем присутствует весьма щедрый набор возможностей, причем работает он не только в графической оболочке.
Но Linux тем и привлекателен, что позволяет многое делать используя командный интерпретатор, а не "тыкать" мышкой по экрану.

Сам linux можно установить на ext4.
Вот для баз данных, особенно больших и особенно с файлами большого размера, которые в придачу здорово нагружают дисковую подситстему лучше xfs.
Использую xfs для Oracle, причем только для базы, СУБД размещаю на ext4, хотя в данном случае это не принципиально, можно и на xfs.