я не видел ничего удобней mod_php. Гибче, чем apache+mod_php вы не найдёте однозначно.
С другой стороны лично я уже лет 5 не конфигурил apache, т.е. перешёл на nginx+php-fcgi. Мне хватает + для моих проектов требуется быстродействие. Точнее, отсутсвие тормозов в тривиальных задачах. Да и в общем функционала хватает и гибкости. Но mod_php явно гибче.

1. Проекты нагруженные? Тогда зачем ORM? Жрут память, жрут время, менее гибкие. Народ наоборот старается на HandlerSocket переходить при больших нагрузках. Выгрузка в json, проблем не вижу. json_encode вполне справляется.
2. В гите отдельными ветками. Есть, например, master ветка, есть galulu, для страны галулу. Прийдётся мерджить, но зато без лишнего кода. Можно делать это автоматом.
3. Опять же, смотря чего вы хотите добиться в итоге. Безопасности за счёт медленной работы? Безопасности можно добиться другими путями

Проще использовать/нанять 1с разработчика, который нужные отчёты будет скидывать на урл (постом или чем захотите), на фтп или куда надо. На нашем счету десятки связок, и каждый раз либо берётся разработчик конторы, либо нанимается фрилансер, который за пару часов настраивает 1с, чтобы она выгружала данные на сайт. Хоть в реалтайме.