я не видел ничего удобней mod_php. Гибче, чем apache+mod_php вы не найдёте однозначно.
С другой стороны лично я уже лет 5 не конфигурил apache, т.е. перешёл на nginx+php-fcgi. Мне хватает + для моих проектов требуется быстродействие. Точнее, отсутсвие тормозов в тривиальных задачах. Да и в общем функционала хватает и гибкости. Но mod_php явно гибче.