Если впоследствии тебе самому эти комменты не нужны, то просто заводишь свой git hook (написанный тобой же на удобном тебе языке), который перед отправкой будет затирать в файлах твои особые комменты(напр по какой-то метке).
Если нужны, то вроде были плагины для разных ide позволяющие писать комменты к файлу(не в коде), погугли для своей.
Вообще просто пиши комменты аккуратно и заливай их вместе с кодом. Документирующие комменты вовсе не лишние.)
Я начинаю понимать...