Репозиторий (хранилище) должен содержать логику сохранения/поиска/восстановления объектов. Валидация - это как бы не его задача. В энтерпрайз фреймворках для этого создаются отдельные сущности.
Что касается Yii - то в нем ActiveRecord несет несколько обязанностий: это и сущность с бизнес-логикой, и валидатор, и репозиторий, и жизненный цикл и т.п. Вы вынесли логику хранения в репозиторий, хорошо. Теперь вам нужно выносить логику валидации куда-то.
Но, с другой стороны, почему бы не пользоваться функционалом фреймворка и не оставить обязанность валидации в модели? Какие-то суперсложные валидаторы можно вынести в отдельные классы валидаторов.
Я это все к тому, что если вы все это хотите выносить, и идти против архитектуры фреймворка (что не так-то просто), то зачем использовать Yii? Может лучше сразу взять фреймворк который более подходит к вашей архитектуре?