add_theme_support( 'woocommerce' ); в функции и удалил файл woocommerce.php и все встало как мне надо. Спасибо!
Методом научного тыка, я узнал, что эти строчки вместе с этим файлом никак не влияют на вывод категорий.
if(is_product_category( 16 )){
add_filter('woocommerce_get_catalog_ordering_args', 'my_woocommerce_order');
function my_woocommerce_order($args){
$args['meta_key']='diametr';
$args['orderby']='meta_value_num';
$args['order']='asc';
return $args;
}
}