Можно определить график апдейтов в Git/SVN и отслеживать, что меняется.
Можно ставить задачи в чем-то типа Redmine и отслеживать их выполнение.
Можно предложить ему поставить трекер типа Timedoctor на свой компьютер и отслеживать, чем он занимается.
Но все это бесполезно, если человек решил забить на работу. Любое предложение по отслеживанию активности будет воспринято в штыки и использовано как повод к разрыву отношений.
