Все, что описано ниже потребует от Вас больше времени на контроль, общение и т.п.
1. Разбивайте задачи, что бы длительность была не более 4-х часов
2. Просите предварительную оценку каждой задачи в часах, и если будет сильно из нее вылезать в процессе просите что бы объяснял почему. Не платите если вылез за оценку без предупреждения
3. Подключите еще одного разработчика или нескольких, создайте конкуренцию, что бы они видели друг друга, пускай они оба оценивают одну и ту же задачу, а вы решайте кто будет делать
4. Давайте отрицательную обратную связь. Не выдержал сроки - получает первый раз предупреждение, потом штраф

p.s. А так же учтите советы Евгений и Максим Тимофеев