mihavxc

Nessus Security Scanner

Не совсем то, что требуется но можно посмотреть logmein.
Тем более, что там есть бесплатная версия для организаций.

Можно делать301 редирект с example.com/good1/ref1/ на example.com/good1/
Тогда и ссылочный вес должен сохраниться.
По крайней мере в партнерках, в которых мы участвуем поступают именно так.

У меня php скрипты запущенные фоном через cron иногда по неделе работают(работа со сторонним API + выкачивание картинок + запись в БД).

Обхожусь одним
set_time_limit(0);

Если не поможет посмотрите в логах вебсервера, возможно у вас БД отваливается из-за слишком долгой сессии. Ошибка будет примерно такая
MySQL server has gone away

Ищите по хабру, было уже куча статей на эту тему.
Ищем по словам dkim,spf,ptr

Описанная вами защиты отрывается за час-другой.

Если нужна хорошая и надежная защита, то лучше не придумывать велосипед, а воспользоваться профильным продуктом — например программными ключами HASP SL.
ru.safenet-inc.com/products/software-rights-management/sentinel-hasp-sl/?LangType=1049

Использую OpenCart. Доволен.

Поддержу OpenCart. Много модулей, хорошее сообщество, монятный код.
Я использовал OpenCart «ocStore», так как нужно было быстро все развернуть. Если проект серьезный, то лучше ставить оригинальную.

Очень своевременна была бы для меня эта статья.

Вынесите часть функционала во внешнюю библиотеку:)

Ко всему вышеперечисленному. На одном проекте решили шутки ради разместить внизу клякcу и подписать, что эта клякса устраняет чувство стерильности сайта:)