После долгих и упорных поисков нашёл то, что нужно:

gulp.task('dev', function() {
  return browserify({ entries: ['src/app/main.js']})
    //.transform(babelify, { presets: ['es2015'] })
    .transform(vueify)
    .plugin('vueify/plugins/extract-css', { out: './bundle.css' })    
    .bundle()
      .pipe(source('main.js'))
      .pipe(gulp.dest('./dist'))
      //.pipe(connect.reload());
});

В общем, сам спросил -- сам ответил.
Делается это так:
устанавливаем npm install svg-fill-loader --save
1. в конфиге вебпака прописываем правило для svg:

{
        test: /\.svg((\?.*)?|$)/,
        loaders: [
          'url-loader',
          'svg-fill-loader?selector=.svg-fill' // `selector` option will be used for all images processed by loader
        ]
      },

2. делаем миксин в файле с переменными scss:

$main-color: red;
@mixin apply-background-image($url, $color) {
   $base-color: str-slice(inspect($color), 2);
   background-image: unquote('url("' + $url + "?fill=%23" + $base-color +'")');
}

3. в файле svg прописываем класс .svg-fill для всего svg или path (path class="svg-fill")
4. и делаем подстановку цвета в style.scss:

item {
  @include apply-background-image("./../assets/svg/item.svg", $main-color);
}