setTimeout("$('"+data.id+"').myPlugin('next')", data.timeout);
Это не очень хорошее решение.
1) Вы передаёте стрингу, которая фактически эвалится.
2) В качестве выполняемой функции каждый раз будет дёргаться заново движок селекторов. И хотя это самый простой селектор, по id, это всё равно время и ресурсы.
Если очень хочется именно так написать, то:
var myPlugin = $(data.id).myPlugin
setTimeout(function(){ myPlugin('next') }, data.timeout);
developer.mozilla.org/ru/docs/DOM/window.setTimeout