Нашел решение. Может кому-нибудь понадобится:

Открываем файл конфигурации доктрины: /config/autoload/doctrine.local.php

Добавляем в массив doctrine/connection/orm_default/params вот эти ячейки:

'charset' => 'utf8',
'driverOptions' => array(
1002 => 'SET NAMES utf8'
),

Придется все значения пересохранить, так как эти кракозябры начнет показывать на сайте.
Желательно такую настройку проверсти на стадии разработки приложения.