Обфускация + "стучалки", распиханные по разным скриптам + боты, ищущие нелегальные копии.
Правда все стучалки-боты нужны только если вы сами что-то с этим делать будете.

Единственный способ совсем закрыть код - это "облачное" решение.

Меня, возможно, закидают тапками, но под описанные требования подходит Битрикс.

РБК Контентс.