Вот варианты. Передатчик - на php:
- с помощью curl обращается самостоятельно к нужному порту/адресу
- обращается к системному окружению через shell() и использует ssh
- использует банальный file_get_contents() в котором можно также указывать порты и т.п.
на стороне приёмщика в любом случае понадобится что-то, что будет "слушать" какую-то входящую команду.
- самый очевидный вариант, раз Вы заговорили про PHP - это поднять веб-сервер. Если использовать этот метод, то исполнять приходящую команду можно на том же php с помощью eval();
- если же Веб-сервер Вас не устраивает, можно написать программу на любом современном языке (python, java, c++), которая будет выполнять его функцию. Она будет "висеть" на порту и ждать команды.
- если же "висеть и ждать" вас не устраивает, то самый простой вариант - это cron скрипт на стороне сервера, который в определённое время лезет куда-то на внешний ресурс, проверяет нет ли там для него команд и при необходимости выполняет их.
Вообще описание, что сейчас дано сильно похоже на создание ботнета) Но это уже совсем другая сказка.