Я обычно так делаю при валютном переводе на счёт ИП - когда деньги пришли, смотрю сколько пришло - ту часть, которая комиссия за перевод пишу внизу инвойса такими строчками:
Transfer fee/Комиссия за перевод:
Transfer fee of the sending bank in amount of $XX is paid by IP Xxx Yyy Zzz.
Комиссию банка отправителя в размере XX долларов США оплачивает ИП Xxx Yyy Zzz.
Т.е. это те доп. комиссии, что потерялись уже после момента отправки платежа. В качестве основной суммы инвойса - то, что изначально отправили.