первый вариант — напишите собственный обфускатор — эффект будет лучше, если хотите пример, стучите в личку
второй вариант — вынести часть кода в расширение php — например рендер определенных виджетов, в общем по ситуации
третий вариант — кодирование интерпретируемого кода, декодирование происходит функциями расширения php, при этом кодированный код перед этим еще и обфусцирован, а так же часть прикладной логики вынесена отдельными классами/функциями в расширение. Не панацея, но 95% желающих хакнуть отсечет, а кому очень нужно получить ваш код, получит его все равно.
