У вас сервер случайно не виртуальный? Я на esx так slave создаю.
1. Конфигурирую мастер. Прописываю log-bin, и все что нужно
2. service mysqld stop
3. clone virtual machine
4. service mysqld start
На 4-м шаге ждать конца клонирования не надо - система делает снапшот, и клонирует с него. Снапшот делается около минуты. После этого сервис продолжает работу.
если не виртуальный, и достаточно места - вместо клонирования можно скопировать целиком каталог /var/lib/mysql и запустить mysql дальше. А уже копию сливать на слейв и там запускать