Так и должно быть, сессия очищается при закрытии браузера
php.ini тут не причем, лучше используйте куки

php.net/manual/ru/features.cookies.php

Пишет, что порт 1099 занят, необходимо поменять его на другой, например на 8080

Другой способ решения проблемы - отключение процесса, который использует данный порт:

ps -aef | grep 1099
kill -9 PID

Согласен, вариант достаточно надежен, но я бы ещё добавил что нибудь не относящийся к стандартным переменным. Например,

md5("{id}_{user_id}_mytext1_{friends_status}_mytext2_{application_secret}")

Используйте функцию isset() для проверки.

session_start(); // начать новое или возобновить существующий сеанс
$_SESSION['abc'] = null; // допустим, сессия изначально пуста

echo "Before: " . $_SESSION['abc'] . "<br>";  // до

if (!isset($_SESSION['abc'])) {
  $_SESSION['abc'] = 'abc';
}

echo "After: " . $_SESSION['abc'] . "<br>";  // после

Результат:

Before:
After: abc