В общем методом тыка нашел рецепт.
$gotIt = array();
$cmd = "C:\\soft\\script.bat && my_comand -arg1=value1";
exec( $cmd, $gotIt );
echo implode('<br>',$gotIt);
Если в $cmd строку писать одинарными кавычками либо путь писать прямыми тегами, то у меня не работало.