В том же в чем его и плюсы.
Асинхронность... ее там нет. Там есть event loop что позволяет писать крайне эффективные программы в плане работы с I/O (что для web очень неплохо) и не париться о таких вещях как потокобезопасность, блокировки и т.д. А если еще и несколько инстансов приложения запусть - по одному на ядро скажем, то утилизация вычислительных мощностей выйдет неплохой. Но распаралелить что-то в рамках одного процесса воркера мы уже не можем. Мы не можем посчитать что-то, проанализировать, заняться обработкой жирной картинки прямо при обработке запроса потому что наш процесс воркер так же обрабатываете еще пару десятков запросов, и пока мы будем удовлетворять нужды одного простаивать будут все. Нода хороша когда у нас все состоит из элементарных операций которые не занимают много времени, все жирное надо выносить из основного процесса и разруливать очередями и т.д. Эта проблема имеет массу решений на самом деле, но все уже усложняется и нода теряет свою красоту. Лучше взять Java/c#/Python для этого (и не надо тут вспоминать про шутки с многопоточностью в CPython).
callback-hell. Собственно наличие event loop диктует так же правила о том, как должна писаться программа. Кучи колбэков, невозможность дебажить нормально и получить четкий стэктрейс из ошибки. Да, есть промисы которые решают первую проблему, да есть либы вроде zone.js которые решают вторую и частично первую проблему... но все это не тривиальное дело.
Собственно... разработка больших и сложных проектов на ноде возможна... но требует от разработчика хорошие знания и понимание того, как работает его платформа. А это увеличивает стоимость разработки в то время как можно взять более эффективные в этом плане инструменты.
