Надо каким-либо способом делать очередь. Сейчас можно сказать стандартный способ это rabbitmq. Можно свою очередь сделать с хранением состояния в БД.
Можно простейший вариант с лок-файлом, когда скрипт при старте создаёт некий файл, а при окончании работы удаляет его. И скрипт не работает если такой файл есть.