Зависит от конкретного поведения, которое вам нужно.
Если хотите, чтобы скрипт выполнялся не чаще, чем раз в три минуты, но при этом всегда в один поток, то есть withoutOverlapping.
Если хотите, чтобы скрипт выполнялся ровно каждые три минуты, но при этом не брал уже обрабатываемые записи, то просто добавьте поле со статусом для каждой из них (он может быть как булевым, так и более сложным) и в самом начале помечайте взятые, а выбирайте только невзятые.