Сергей БАрд: вопрос очень общо сформулирован, проще было бы на каком-то конкретном примере давать советы. я плагины создаю исходя из функционала, например отдельный для хаков в админке, другой для seo фишек, третий для микроразметки
Андрей Филимонов:
мэн,
ты если хочешь кардинальных изменений, т.е. фактически свою тему писать - бери любую как исходник и вороти своё, получится твой проект, твоя ответственность и ты доволен
но если хочешь слепить из популярной темы (переназвав что-то, добавив, удалив) и продать это говно, у которого не будет обновлений и поддержки - так не хорошо
если хочешь сделать красиво - разберись с дочерними темами