imdeveloper

Потому что при удалении атрибута происходит перенумерация остальных. Пусть есть три атрибута, их номера будут 0, 1 и 2.

Шаг 1. 
  $i = 0. 
  Удаляем атрибут 0.
  Атрибуты 1 и 2 получают номера 0 и 1.
Шаг 2.
  $i = 1.
  Удаляем атрибут 1.
  Остался атрибут 0.

Ну а PHP здесь совсем не виноват.

foreach ($this->allowableTags as $tag) {
  foreach ($doc->getElementsByTagName($tag) as $element) {
    $attributes = $element->attributes;
    while ($attributes->length > 0) {
      $attr = $attributes->item(0);
      $this->clearElement($element, $attr);
    }
  }
}