Можно попробовать посмотреть в сторону ModRewrite. Создаете один VritualHost:
<VirtualHost 1.2.3.4:56 >
ServerName site.ru
ServerAlias *.site.ru
DocumentRoot /var/www/user/data/www/site.ru/router/
</VirtualHost>
В site.ru/router/ лежит .htaccess с прописанными правилами перенаправления. На сколько сложной структура этого файла может получиться я не могу сказать, но работать во всяком случае должно.