Ребята. Вопрос крайне сложный. Выяснились новые подробности.
Договор на аренду стойки заключен с компанией Peterhost, а Peterhost пользуется услугами дата-центра Элтел. Элтел дает круглосуточный доступ к оборудованию, а вот Peterhost скорее всего держит там своих сотрудников в определенные часы и поэтому не могут предоставить круглосуточный доступ к своей стойке. Вобщем мой вам совет - лучше не арендовать место у Peterhost, если вам нужен безгеморойный доступ к своему оборудованию.

На самом деле защита кода - это вечная песня!
Zend Guard и IonCube можно раздекодить. Например переписанным php интерпретатором. Все обфускаторы работают по одному принципу: перед передачей чистого кода в компилятор, любое расширение типа Zend Optimizer или IonCube декодят его, что бы PHP мог провести лексический анализ и сделать все необходимое для того, что бы транслировать его в байт-код. Переписанные интерпритаторы, просто вместо "выдачи результата" сохраняют "чистый" php код в указанный файл. Я такие вещи изучал еще лет 5-6 назад. Но еще в то время ребята из Zend перед обфускацией кода компресили его до неузнаваемости, но можно было потратить пару часов и восстановить исходный код большинства файлов. Скажем так...это очень хорошие и надежные инструменты, но способы украсть были, есть и будут всегда.

Можно попробовать посмотреть в сторону ModRewrite. Создаете один VritualHost:

<VirtualHost 1.2.3.4:56 >
  ServerName site.ru
  ServerAlias *.site.ru
  DocumentRoot /var/www/user/data/www/site.ru/router/
</VirtualHost>

В site.ru/router/ лежит .htaccess с прописанными правилами перенаправления. На сколько сложной структура этого файла может получиться я не могу сказать, но работать во всяком случае должно.