Так на диске появились бэд блоки или что? Каким нибудь mhdd/victoria диск не чекали? А почему решили, что проблемы с диском?
А советы самые стандартные: не ронять, не трясти во время работы, соблюдать температурный режим.
Манипуляции с разделами или файлами никак не должны сказываться на жестком диске.
На износ жесткого диска в основном влияет количество стартов и парковок.