По первому пункту:
Правильнее будет протестировать на актуальном железе и в актуальной конфигурации. Кроме того, ответ на ваш вопрос будет зависеть еще и от вашей возможности корректировать параметры ядра. На виртуалках у вас такой возможности может и не оказаться.
Полтора года назад я делал такие тесты для своего сервера.
Тестировались три варианта - nginx+php-fpm, nginx+apache+mod_php, nginx+nginx+php-fpm. результаты тестов на боевых сайтах показали:
при правильной настройке apache - nginx+php-fpm - наименее производительное решение
nginx+apache+mod_php и nginx+nginx+php-fpm выдерживают примерно одинаковую нагрузку, но второе решение чуть менее надежное (то есть именно чуть - в среднем, на 1000 натравливаний siege на боевой сервер, php-fpm слетел раз 7, а апач - раза 2)
Софт с тех пор поменялся, железка у вас заведомо другая (та, на которой я тестировал, погорела), у меня был debian без виртуалок, у вас - Centos, посему актуальные результаты тестов в вашем случае могут оказаться другими.
По второму - позволю процитировать себя же - "при правильной настройке apache". Правильная настройка апача на производительность включает полный отказ от .htaccess. Часть переносится в nginx, часть - напрямую в конфиги конкретного веб-сервера. Ну и из апача вообще выбрасываетс много-много-много всего. Нужно помнить, что правила рерайта в нгинксе огтличаются от апачевских - на хабре была пара правильных (особенно с учетом комментов) статей, ну и на самом сайте нгинкса примеров хороших более чем достаточно.
По третьему - если вы проведете тесты и убедителсь, что с надежностью у связки nginx+nginx+php-fpm все нормально на ваших сайтах, я бы перешел.
Поясню суть такой связки:
внешний nginx отдает статику, зипует на лету, частично рерайтит запросы, а также проксирует запросы к php на внутренний нгинкс. Кроме того, по необходимости и возможности, он может кешировать часть запросов. У внешнего нгинкса keepalive_timeout установлен в достаточно большое значение (то есть тоже стоит подбирать).
Внутренний нгинкс стоит с keepalive_timeout=0, и работает с php-fpm.
Прекрасной плюшкой такой связки является возможность кеширования страниц с одновременным, простым и наитивным отключением кеширования интерактивной части (то есть, к примеру, вы кешируете весь сайт кроме блока комментариев и блока каких-нить прикольных фишечек, которые выводятся по рандому).
Минусом - принципиальные отличия в логике рерайтов на nginx и в apache. Врочем, если потратить разок 2-3 рабочих дня на то, чтобы в этих разлиичях разобраться, дальше все будет проще.
