На оплату формируется уникальный ID - платежные системы его требуют.
Код, принимающий информацию об оплате, должен сохранять в базе отметку об оплате заказа.
На странице, где пользователь ждет прихода денег, каждые пару секунд делаете ajax-запрос к своему скрипту, проверяющему, не появилась ли отметка об оплате.
Все настолько просто, что и запутаться-то негде.