Если есть задачи, которые выполняются долго (десятки секунд) и упираются в одно ядро - разумеется, лучше сделать меньшее количество более производительных ядер.
Но учитывая, что у вас "сервер" на винде - сомнительно, что мы имеет дело с хайлоадом, требующим столь глубокой оптимизации.