Кавычек какое-то дикое количество. Вполне вероятно, что из-за них. Попробуйте засунуть запрос в файл и вызывать его в скрипте как-то так: mysql %options% < sql_file
Второй подозреваемый - переменные окружения и, соответственно, отсутствие абсолютных путей к файлам.
Вообще - когда руками из консоли скрипт вызывается, что происходит? Ошибки есть?
Разницы, ради которой стоит переустанавливать ОС не будет. Это же не РНР 5.5 на 7.4 менять...
От грамотной настройки зависит гораздо больше обычно, чем от свежести версии. Если случается какой-то прямо прорыв в производительности - обычно об этом активно пишут и всё такое.
Не нужно делать это с помощью iftop, для подобных вещей существует масса более подходящих инструментов, начиная с /proc/net/dev и различных обёрток над ним.
graylog-server - использует elasticsearch. Работает корректно, только в том случае, если эластик в кластере. и гоняет трафик с одного ДЦ в другой. в моём случае не вижу в этом смысла.
Ограничивайте максимальный объём памяти и количество процессов PHP, ограничивайте доступную базе память. Смените апач на нгинкс, фигли он целый гигабайт-то занимает?
Если у вас количество символов (читай - тэги) всегда одинаковое, проще не заморачиваться регулярками, а просто откусить нужные части строки, например, с помощью tr.