База небольшая - можно делать полный бэкап каждый день.
Файлов много - поэтому имеет смысл делать, например, полный бэкап раз в месяц, добивая его инкрементальными ежедневными. Сделать такое можно по-разному - хоть rsync
`ом, хоть просто архивировать файлы, отфильтрованные find
`ом по дате модификации (mtime).