Это винду переставлять неспортивно, а с линуксом как раз проблем быть не должно, если вы, конечно, не наставили всякого из сорцов методом "configure-make-install".
Вы же TCP/UDP-запросы имеете в виду? Тогда нужно просто соответствующим образом настроить роутинг, сетевой стек ОС сам разберётся, куда отправлять пакеты.
Ну, не пишите скрипт. Просто в /etc/network/interfaces добавьте post-up и pre-down с iptables-restore и iptables-save - принцип работы и надёжность совершенно аналогичные.
Почему бы не определить список необходимых к переносу сервисов, забэкапить их конфиги/базы, а потом восстановить это дело на спокойно установленный в виртуалку дебиан актуальной версии?
