Вопрос слишком неопределённый. В чём сложность?
Определяете, какие каталоги вам нужны для бэкапа, устанавливаете любой rsync-клиент на машину с чистым диском, начинаете копирование. Обычно бэкап сайта состоит из двух частей - файлов и базы. Базу просто так копировать нельзя, нужно сделать дамп.