Денис Кудин

Потому что download не может работать совсем без ответов от вашего mikrotik - вам приходят пакеты с контентом и вы должны отвечать подтверждением, что эти пакеты получены. Если такого подтверждения нет в течение некоторого времени, то отправляющая сторона может приостановить отправку (зачем зря отправлять, если никто не получает?)

например на download у меня скорость 100 Mbps, на upload скорость 10 Mbps

Например, отправка подтверждений занимает 0.1 Mbps при download на 100 Mbps.
Например, upload забивает канал на 99.99%, т.е. от 10 Mbps остаётся свободно 0.001 Mbps, тогда удаётся отправлять подтверждения в 100 раз реже, чем при свободном канале upload, в результате скорость download падает в 100 раз.

Считаю, что так не должно быть

Ограничивайте (на уровне приложения) скорость отдачи, чтобы канал не забивался полностью. Вероятно, занятие 99% от пропускной способности upload уже позволит нормально качать в обе стороны (если нет, то можно ещё убавить, до 98% или до 95% - экспериментируйте).
Для полноценного Linux можно нагуглить твик, устанавливающий подобное ограничение на уровне операционной системы. Но не уверен, что для mikrotik подобный твик существует (впрочем, погуглите что-нибудь вроде mikrotik traffic shaping).

Мне сложно говорить именно про VPS для личного использования, но в случае "условного хостера", когда есть отдельный сервер и на нём будут размещаться клиенты, указывать надо ваше "типовое имя сервера" в духе server100500.moysuperhost.ru. Т.е. то, на что будет выпускаться SSL-сертификат для сервера, и то, что будет в т.ч. и УРЛом, на который будут заходить клиенты для управления своими активами.

Соответственно, если домен у вас будет один, то вероятнее всего, правильный вариант - domain.com.

mail.domain.com, насколько я помню, может использоваться по-разному в разных панелях и разных назначениях/конфигурациях сервера. В моём понимании вашего вопроса, этот вариант вряд ли хоть насколько-то разумен.

Я хочу избежать любых потенциальных конфликтов с доставкой электронной почты

Опять же, возможно, это у меня недостаток знаний, но источник возникновения такого конфликта я представляю с трудом.

1. На одном роутере нужно оставить включенной службу DHCP, чтобы только он выдавал IP адреса всем подключенным к нему устройствам в той же подсети, на которую настроена служба. На остальных роутерах служба DHCP должна быть выключена. Тем самым остальные роутеры должны работать в режиме свича.
2. Собственный адрес роутера нужно перенастраивать, если не он раздает IP адреса. Желательно, зафиксировать MAC адреса роутеров в таблице маршрутизации в активной службе DHCP, чтобы роутеры всегда получали только для них предназначенные IP.