Борис Сёмов

Вам нужно установить mysql такой же или выше версии на другом сервере, перенести файлы, удостовериться, что права выставлены правильно и запустить mysql.
Но это вряд-ли поможет вам "починить" базу. И скопируется не только одна база, но и все базы и пользователи.
Ну и снять дамп, точно также, не получится, как на исходном сервере.

Вам на самом деле, надо посмотреть где беда с collations и исправить её.

upd: На всякий случай: я пишу о копировании всей /var/lib/mysql/, не отдельной папки с базой.

Можно сохранять как текст, потом получать селектом и выполнять через eval() или exec(). Но делать так не нужно.
Вероятнее всего, ваша задача решается как-то иначе более разумным способом.

Проблема в руках настраивающего, чаще всего, и крайне редко именно в софте.
Надо уметь настраивать mysql, и находить причину проблем.

Начать стоит с explain этого запроса там и там, и сравнения.

Во-первых, это не очень уж большая база.
Во-вторых, конечно, посмотреть данные, и понять, что именно занимает много места, а там смотреть, нужное это или нет.

Нет какой-то одной правильной настройки на все случаи жизни. Всё зависит от нагрузок, самой базы, наличия ресурсов, используемых накопителей, и.т.п.

В самом простейшем случае, можно проверить настройки с помощью какого-нибудь mysqltuner, но надо понимать, что он только проверяет несколько простых правил, и его рекомендации не всегда разумны.

Возможно также, что в вашем случае, проблема не в настройках, а узким местом является IO, с ним на многих виртуалках бывает всё довольно печально, даже когда вроде как заявляется, что они на SSD.

1. Ваш сервер без дополнительной настройки не принимает соединений извне(bind-address=127.0.0.1 по умолчанию). И так правильно. Если надо подключиться, можно использовать туннель, например средствами ssh.

2. Вам надо создать пользователя с правами подключаться через 127.0.0.1, или из внешней сети, если вы перенастроите-таки bind-address, по умолчанию пользователь root может подключаться только через сокет.

Если соединение падает от длительности работы скрипта, то вам надо увеличить wait_timeout в настройках mysql, или, что правильнее, изменить логику его работы так, чтобы работа с базой не была размазана по всему времени выполнения(Нужна база - открыли соединение, сделали работу, закрыли соединение. А не открыли при инициализации, потом ничего не делаем, соединение отваливается, и тут вдруг нам оно понадобилось, а запрос падает с ошибкой).

Ваш конфиг очень не соответствует вашим ресурсам.

thread_cache_size = 32
вам пары хватит.
max_heap_table_size = 64M
tmp_table_size = 64M
Не при 512МБ на всё. 16 максимум, и оптимизируйте нормально запросы.
query_cache_size = 32M
Выключить вообще.
bind-address = 0.0.0.0
Вам нужны внешние подключения? Если нет, надо 127.0.0.1, если да, обязательно закрыть всё кроме нужных адресов на 3306 фаерволом.
max_allowed_packet = 100M
Вам не нужно столько наверняка.
max_connections=1000
Вы можете пару-тройку обслуживать не 1000 на такой виртуалке. 10 тут будет даже много, не то, что 1000.

Панель снести, она вам не нужна.
Все лишние сервисы на виртуалке изничтожить.
Также, вероятно, у вас тут же веб сервер, который тоже надо правильно настроить.

Узнать никак. Сменить можно запустив с параметром skip-grant-tables. Подробных описаний процедуры сброса пароля полно в сети.

Проанализируйте, что же именно делает в это время mysql, хотя бы запустив mytop, и посмотрев explain частых и долгих запросов.
У вас может просто отсутствовать какой-нибудь нужный индекс в таблице, или неудачно какой-то запрос составлен, и используется активно full scan или file sort.