Стоимость внедрения надо оценивать отдельно, по затратам времени и средств, и включать в конечную стоимость.
А как оценить свой готовый продукт решать вам. Нет тут каких-то универсальных формул ни для фрилансеров ни для компаний.
К тому же существуют очень разные методы заработка на софтварных продуктах. Например, иногда бывает выгодно продать решение за символическую плату/отдать бесплатно и получать основную прибыль на поддержке.
Я обычно оцениваю свои затраты времени, беру некую ставку, соответствующую сложности работы, думаю насколько мне интересен проект, и борюсь со своей жабой. =)