т.к. сайт под РФ, а главная поисковая система - яндекс, рекомендую сделать на поддоменах.
Основное преимущество поддомена в том, что вы можете задать ему региональность в яндекс вебмастере и он будет ранжироваться выше, чем с привязкой Россия.
Для гугла я бы выбрал подпапки.