Откуда берутся неправильные ссылки?

через f12. Когда смотришь через исходный код страницы - у тебя код без обработанного js, если смотреть через f12 - страница с обработанным js. Если хочешь, сбрось сайт в телеграм мне, я посмотрю https://t.me/Koplykk

Как в Google Search Conlole / Аналитиксе посмотреть поисковые запросы с транзакциями (из органики)?

Попробуй создать сегмент пользователей с нужной тебе конверсией и выбери его на уровне запросов из search console.

Сегмент "пользователи совершившие конверсию" (все конверсии) есть автоматом в сегментах.

Откуда берутся неправильные ссылки?

А с отработанным js?

Как в Google Search Conlole / Аналитиксе посмотреть поисковые запросы с транзакциями (из органики)?

Если настроена цели analytics-источники трафика - search console - запросы. В последних столбцах будет количество конверсий на уровне запроса.