Самый надёжный вариант - проверить этот диск виндовой chkdsk (загрузившись с любого liveCD). Скорее всего, на разделе установлен флаг dirty, вот Линукс и осторожничает.
Можно попробовать и из-под линукса: https://askubuntu.com/questions/112150/how-to-corr...
В принципе, можно прокинуть физический диск в виртуалку: https://thesolving.com/virtualization/how-to-confi...
Но "железо" виртуалки и реального ПК различается, и как система будет на это реагировать при каждой перезагрузке - вопрос.