Search-Mailbox ищет во всем ящике, ограничить/детализировать поиск можно с помощью параметра SearchQuery. Дополнительно можно использовать Get-MessageTrackingLog, если хотите удостовериться, что письмо приходило в ящик или уходило из него.
Если Вам действительно нужен поиск по подпапкам - то
EWS Managed API в помощь. Еще посмотрите на эту тему
Glen Scales' Blog и его
примеры 
