Можно попробовать mongodb. Там есть и географический индекс и шардинг. А вообще набор этих точек часто меняется? И насколько остро стоит вопрос производительности. А то можно и на каждом сервере в память загнать из файла. А также можно разбить их на тайлы и предрасчитать количество точек в каждом тайле. Получится некоторое подобие гиперкуба OLAP.
