>>сделать у /home тип NTFS
Не надо так делать, зело плохо будет, если будет вообще. Лучше уж дайте винде поддержку ext*.
>>хотелось бы ещё выделить раздел под линукс для установленных приложений, чтобы безболезненно переносить переустановку системы, но это вроде бы проблемно?
0. Не переустанавливайте Linux. Если у вас есть такая потребность, вероятно, вы что-то делаете не так или пользуетесь не подходящим вам дистрибутивом.
1. Выделять /usr — зачем? Переустановка программ занимает минуты (составьте себе предварительно скрипт со списком пакетов к установке).
А совместимость бинарников с новой системой может быть под вопросом.
>>есть смысл отдельно выделять /var
Нету.
>>Ну и напоследок. Primary и Logical. Есть ли в них фактическая разница, для использования на уровне ОС? И как их грамотнее использовать?
Количество Primary-разделов ограничено. Фактической разницы при использовании быть не должно.