Александр Карабанов

RewriteEngine on
RewriteRule ^/catalog/([0-9]+) /catalog/?id=$1 [L]

PS
Рекомендую отказаться от Apache в пользу Nginx

На скриншоте LoadAverage около 8 при 48 ядрах и полно свободной памяти, то есть сервер не нагружен, если при этом приложение работает медленно, можно предположить, что оно ожидает чего-то. Может оно обращается к внешнему API которое медленно отвечает?

Рекомендую проверить настройки DNS и убедится, что используется локальный кеширующий DNS сервер, а не публичный - дело может быть в том, что публичные DNS серверы тротлят если к ним часто обращаются, так что если приложению надо обращаться к внешнему API оно будут часто резолвить имена, что приведёт к задержкам.

sudo add-apt-repository ppa:ondrej/php
sudo apt update
sudo apt install php7.4-curl

500 (Internal Server Error) - это 99% необработанное исключение в PHP скрипте, посмотри в error.log и увидишь там ответ на свой вопрос.

ls /documents

docker-compose build --no-cache
docker-compose up -d

PS
Не используй alpine

apt install python3-certbot-nginx

Пропиши полный путь до интерпретатора

Браузер точно не запущен с флагом --disable-ipv6?

Squid

Похоже на MTU black hole

location /storage/ {
            limit_req zone=static burst=100 nodelay;
            proxy_pass http://домен.рф/media/;
            proxy_redirect off;
            expires 14d;
            proxy_cache staticcache_storage;
            proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
            proxy_cache_key "$request_method|$http_if_modified_since|$http_if_none_match|$host|$request_uri";
            proxy_cache_valid 200 301 302 120m;
            proxy_cache_use_stale error timeout invalid_header http_500 http_502 http_503 http_504;
            proxy_cache_revalidate on;
        }

Это не поможет. Надо профилировать приложение и выяснять, что не освобождает память после использования.