Станислав Бодро́в

Если у тебя:
server's role - production
dedicated server
type of workload will this server - OLTP
type of storage - HDD RAID
CPUs does your system - 4
memory does your server - 6 GB
operating system - Linux
tables will you - 100
MySQL server version - 5.6
preferred storage engine - InnoDB
variant of MySQL - MariaDB
thread cache - 50
key buffer - 32 MB
connection limit - 250

конфиг примерно следующий
[mysql]
# CLIENT #
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock

[mysqld]
# GENERAL #
user = mysql
default-storage-engine = InnoDB
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
pid-file = /var/lib/mysql/mysql.pid

# MyISAM #
key-buffer-size = 32M
myisam-recover-options = FORCE,BACKUP

# SAFETY #
max-allowed-packet = 16M
max-connect-errors = 1000000
skip-name-resolve

# DATA STORAGE #
datadir = /var/lib/mysql/

# BINARY LOGGING #
log-bin = /var/lib/mysql/mysql-bin
expire-logs-days = 14
sync-binlog = 1

# CACHES AND LIMITS #
tmp-table-size = 32M
max-heap-table-size = 32M
query-cache-type = 0
query-cache-size = 0
max-connections = 250
thread-cache-size = 25
open-files-limit = 65535
table-definition-cache = 1024
table-open-cache = 2048

# INNODB #
innodb-flush-method = O_DIRECT
innodb-log-files-in-group = 2
innodb-log-file-size = 256M
innodb-flush-log-at-trx-commit = 1
innodb-file-per-table = 1
innodb-buffer-pool-size = 4G

# LOGGING #
log-error = /var/lib/mysql/mysql-error.log
log-queries-not-using-indexes = 1
slow-query-log = 1
slow-query-log-file = /var/lib/mysql/mysql-slow.log

нагуглил OpenVPN, но как-то все сложно есть что-то с установкой настройкой чуть по легче

Сложно на определённых эллиптических кривых и со всякими наворотами, или когда требуют натянуть ГОСТовское шифрование. Всё остальное давно в пару кликов делается.

Если данные хранятся вне контейнера, то при перезапуске всё должно штатно стартовать.
При перезапуске старого контейнера старт происходит корректно?
Если так, то дело скорее всего в разных потрохах нового контейнера. Поэтому надо сравнить содержимое Dockerfile, entrypoint.sh старого и нового контейнеров.
Если при перезапуске старой версии контейнера возникают проблемы, скорее всего отключен или подключен иным образом ресурс, где хранятся внешние данные контейнера.