jcmvbkbc

У дистрибутивов с бинарными пакетами обычно один пакет с ядром для одной архитектуры, т.е. одна конфигурация. И в этой конфигурации все возможные драйвера просто собраны как модули.

Вот для встраиваемых систем, где действительно ничего не поменять, конфиги идут прямо с ядром. См. например, arch/arm/configs.

На мой взгляд проблема с разными конфигурациями в том, что описание конфигурации -- это сама конфигурация и есть. Ну т.е. если взять какой-нибудь .config, то как описать, что в нём есть, а чего нет?

kexec -- это запуск нового ядра, практически перезагрузка, только без захода в bios.

Создать (т.е. определить) функцию в структуре нельзя. Можно определить указатель на функцию.

Кроме упомянутых @pi314 настроек порта (которые тут, скорее всего, ни при чём: при неправильном бод-рейте ничего осмысленного, обычно, получить не удаётся) есть ещё 100500 параметров терминала доступных для изменения через stty. Среди них есть, например, локальное эхо или вставка дополнительных CR перед LF. При обмене бинарными данными терминал стоит перевести в raw-режим (stty -F <device> raw).

Команда lsusb не высвечивает его.

Что видно в dmesg в момент подключения программатора?

distrowatch.com
Вот, например, статистика по debian: distrowatch.com/table.php?distribution=debian

Команда root выдает (hd0,msdos3) и судя по содержимому - это как раз требуемый сервер.
Мануалы советуют выполнить команду

linux /vmlinuz-2.6.32-server root=/dev/sda1 ro quiet

но в / у меня только vmlinuz

Путь внутри linux задаётся относительно корня раздела указанного в root. Мануалы рассчитаны на отдельный /boot.

KVM. XEN.

А почему вы решили, что cron зависает -- он же написал "ОК" в строке запуска?

Воспользуйтесь встроенными возможностями аудита системных вызовов: https://wiki.archlinux.org/index.php/Audit_framework

платформенно-независимую программу под Windows и Linux без установки сложных огромных библиотек с кучей зависимостей

почему вы считаете, что это возможно?

Внесите его в группу wheel, после чего он сможет выполнить su -

printf.c: No such file or directory.

Смысл в том, чтобы поместить вывод программы в файл log. Такого же типа ошибка при использовании scanf.

Это сообщение от gdb о том, что он не может найти файла printf.c с исходным текстом функции printf, в которую вы шагнули. К выводу в файл log не имеет никакого отношения.